quel est ce fichier à coller : le dossier SweetHome3D-3.1 complet ou un fichier à l'intérieur de ce dossier?

Justement c'est le fichier SweetHome3D à l'intérieur de ce dossier. C'est d'ailleurs ce fichier exécutable qui sert à lancer le programme ensuite sous Linux, comme indiqué dans la page sur le téléchargement.
Ne vous inquiétez pas c'est sans risque pour vos documents existants, le pire qui peut arriver dans le terminal, c'est que le programme ne se lance pas.