je n'ai pas vu souvent les données d'un fichier s'évaporer comme ça.

C'est d'autant plus étrange que la procédure d'enregistrement crée d'abord un fichier temporaire, qui est ensuite recopié dans le fichier de destination si ce fichier temporaire a été généré correctement. Comme un fichier vide n'est pas un fichier SH3D correct, je ne vois pas comment Sweet Home 3D pourrait générer un tel fichier !

Applejack pourrait y être pour quelque chose ?

Je ne sais pas, je ne connais pas cet outil.
Une autre piste pourrait venir du fait que des fichiers SH3D sont en fait des fichiers ZIP qu'on peut ouvrir (et endommager) avec tout outil apte à manipuler ce format.

Bon courage pour tout recommencer, et désolé de ne pouvoir faire mieux.