Zut, j'ai compris d'où venait le problème : c'est une régression que j'ai introduite en voulant améliorer la gestion des fenêtres maximisées à leur réouverture. Le contournement est simple : ne pas utiliser le bouton maximize et préférer agrandir la fenêtre avec la souris, ou alors utiliser la version Java Web Start après avoir installé Java 7 car c'est un problème avec Java 6 sous Linux.