Per il punto 2), se crei la stanza (con il doppio click) dopo aver inserito le porte nei muri, il programma prende come superfice anche metà della soglia, e di conseguenza i pavimenti di due stanze attigue risulteranno contigui.
Altrimenti devi disegnare/delimitare la stanza comprendendo anche la soglia delle porte.

Per i punti 1) e 3) ti posso dire che utilizzando SketchUp non ho avuto questi problemi, purtroppo ora questo programma non è più FREE !

Saluti