Sous Windows et Linux, le menu Quitter ferme toutes les fenêtres Sweet Home 3D ouvertes. Si vous n'en avez qu'une d'ouverte, ça aura le même effet que le menu Fermer.

il me semble que Fermer devrait fermer seulement le projet en cours tout en conservant l'application Sweet Home 3D ouverte.

Sweet Home 3D n'est pas une application MDI (Multiple Document Interface) avec une sorte de sous-bureau contenant toutes les fenêtres de l'application. Pas que ce soit impossible à programmer, mais ça n'était pas recommandé du temps où j'ai commencé à le programmer.